《驱魔少年》讲述在很久很久以前千年伯爵曾经想霸占地球，但有人用神的力量消灭千年伯爵后世界恢复和平，但预言说：千年伯爵会再度来临如今，千年伯爵再次为了霸占世界将死去的灵魂变成恶魔，但是，将死去的灵魂变成恶魔的人居然是这些已死者的最重要的人。他们不是故意将灵魂变成恶魔，而是他们很迷惘地相信了千年伯爵的话，以为能让死去的人复活过来。结果不但不能将他们复活过来，而且还让他们变成异物，变成千年伯爵的武器，那就是恶魔。但是被某个人发现一个石箱以后，一切都改变了。为了对付恶魔，有一些被神的选中的使者能破坏恶魔的结构，他们的组织叫做黑色教团。黑色教团的黑暗圣职者被称为除魔师。他们拥有异能感的克魔武器，一切会被他们改变。他们是千年伯爵的克星。